معضل فاضلاب اهواز علاوه بر سرزیر شدن در روزهای بارانی در تابستان نیز این مشکل وجود دارد، که این وضعیت می‌تواند خطر جدی برای سلامت و بهداشت مردم باشد. حل معضل سیستم فاضلاب شهری اهواز با اداره آب و فاضلاب کلانشهر اهواز است و حل مشکل آب‌های سطحی این شهر برعهده شهرداری اهواز است.در فصل بارندگی معضل فاضلاب اهواز سرزیر در محلات و خیابان‌ها است و در فصل تابستان همان آلودگی های فاضلابی که سیستم دفع مناسبی ندارد خطر بروز بیماری‌ها را در میان شهروندان تشدید می‌کنند و این در حالی است که هیچ برنامه‌ای برای ساماندهی جدی و بلندمدت وضعیت فاضلاب شهری اهواز وجود ندارد و دستگاه‌های مربوطه، برای کنترل سرریز فاضلاب‌های شهری هرچه دارند مسکن و موقت است.رودخانه کارون، در حال حاضر فاقد توان خودپالایی است، هماکنون از 13 محل در سطح شهر اهواز، فاضلاب به رودخانه کارون تخلیه می‌شود.فاضلاب غرب اهواز به تصفیه‌خانه چنیبه هدایت و تصفیه و بخشی از فاضلاب تصفیه‌شده در رودخانه کارون تخلیه می‌شود.همچنین فاضلاب شرق اهواز با عبور از مجاورت کارخانه فولاد به نهر مالح هدایت می‌شود و همچنین فاضلاب برخی از مناطق اهواز نظیر لشکرآباد، کوی مشعلی، آخر آسفالت و گلستان بدون تصفیه شدن در رودخانه کارون تخلیه می‌شوند.همچنین در خارج از محدوده شهر اهواز، فاضلاب تمام روستاهای حاشیه کارون به رودخانه کارون تخلیه می‌شود. این ها در حالی است که آلاینده‌هایی که به کارون تخلیه می‌شوند، دیگر نمی‌توانند جذب رودخانه شوند زیرا در حال حاضر آورد و دبی رودخانه کارون اهواز در کمترین سطح خود قرار دارد که موجب سلب توان خودپالایی از رودخانه کارون شده است.این آلاینده‌ها در حال نشان دادن آثار خود بر رودخانه کارون هستند. با توجه به اینکه بار آلایندگی فاضلاب‌های شهری بیشتر حالت میکروبی دارد متاسفانه عواقب و پیامدهای این آلاینده‌ها بر اکوسیستم رودخانه در حال بروز است.