یکی از مشکلات محیط زیستی نجف آباد ضایعات کارخانه های سنگبری است که در حاشیه جنوبی پارک ملی و پناهگاه قمیشلو و غرب نجف آباد در نزدیکی معدن متروکه سرمه (معدن سرب) تخلیه می شود. صاحبان کارخانه های سنگبری ضایعات خود را در منطقه وسیعی به صورت کوه هایی دپو کرده اند.این اقدام پوشش گیاهی را تخریب کرده و باد ریزگرد حاصله را در کل منطقه پخش می کند و باعث تخریب منطقه می شود. در حال حاضر دپو ادامه دارد و چندین هکتار از عرصه مرتعی را اشغال کرده اند.